國立成功大學圖書館於96年度邀集16所雲嘉南區域教學資源中心夥伴學校，以及國立中山大學、國立中正大學、國立高雄第一科技大學等3校，向教育部申請「95年度教育部補助大學購置人文社會圖書計畫」，提出並共同購置12學門主題書單。該購書計畫於97年執行完畢，共採購21,137冊圖書。為達成「分散建置、整合利用」之目的，遂成立雲嘉南區域20校圖書館聯盟，並啟動聯盟圖書互借機制，奠定雲嘉南區域內圖書資源共享之基礎。國立臺南大學、國立金門大學及興國管理學院則分別於98年、100年加入圖書館聯盟，聯盟圖書館合計達23所。

自100年7月起，技職校院退出雲嘉南區域教學資源中心夥伴學校行列，但雲嘉南區域23校圖書館聯盟仍維持跨校到館圖書互借服務，唯跨校線上圖書借閱免費服務僅限於中心學校暨12所夥伴學校以及國立中山大學等14校。

(一)、到館臨櫃借閱

1、持學生證、教職員工證，至圖書館借取「雲嘉南大學校院圖書館聯盟借書證」，親至聯盟館辦理借閱手續。

2、借期21天，可借閱冊數5冊。

3、借期屆滿，自行歸還所借圖書。

(二)、線上借閱服務

1、利用聯合目錄整合查詢系統查詢後，可直接點選「申請館合」，聯結至全國文獻傳遞服務系統(NDDS)提出線上申請借閱，借期21天。

2、尚無NDDS系統帳號者，請先於NDDS系統提出申請，經本館審核後，將發送E-mail通知讀者。

3、讀者提出申請後，由本館通知前來取書。

4、借期屆滿由本館代為還書。

三、圖書互借

(一)、個別簽約學校

1、申請方式

　■　憑學生證、識別證或身份證，親至圖書館流通櫃台辦理借用，不得委託他人代辦。

　■　為促請借用人準時歸還館合借書證，以避免影響其他讀者之權益，借用時須留置證件，俟借用完畢再行歸還。

　■　「臺大、師大、東海大學館際合作借書證」之借用期限為3週，借書證若超過期限仍未歸還，本館得暫停借證者在本館借書之權利至歸還止，並不得借用館合借書證一年。

　■　借書證一人限借用一張。

2、使用流程

　■　持學生證、教職員工證，至圖書館流通櫃台辦理借書證。

　■　每張借書證可借5本書，借期依各館規定，目前均為3週，不提供續借、預約。

　■　自行前往該校借/還書，並於借書證借用期滿7日內至圖書館流通櫃台歸還借書證。

　■　於書籍到期日前自行前往各館歸還。

3、使用需知

　■　書未還清前，不得再度借用同一圖書館之借閱證。

　■　借用人需遵守著作權法之相關規定。

　■　借用人需遵守合作圖書館之借閱規定，並無異議接受其某些圖書無法借閱之理由。

　■　借用人借書逾期時，除依合作圖書館逾期相關規定處理外，本館亦將凍結借用人在本館之借書權利，至還清圖書為止。

　■　借用人需善盡圖書保管之責，若有任何毀損或遺失，依合作圖書館相關規定辦理。

　■　遺失借書證，須向圖書館流通櫃台辦理相關處理事宜，掛失前向合作館借閱之圖書資料，概由借用人負責。

　■　館際借書證僅供本校教職員工及學生持至合作館借書之用，不得作為向合作館要求其他服務之用。

　■　本館讀者向合作館借書若未如期歸還或遺失，所發生之費用均由借閱人自行負擔，費用標準則以合作館之相關規定為準。

　■　圖書館不發到期及逾期通知單，逾期罰款請自行負責。