附錄(99.8-103.7)

本所設立後，將 從海峽西岸的特殊地理與政治經濟角度，集中尋找兩岸相關的海洋事務議題，作為研究教學發展的特色--促成兩岸海洋問題協調機制的建立；申請並執行海洋 事務相關的專題研究計畫；從事與金門海洋產業發展有關的海洋事務規劃、推展工作；增進金門地區人民對海洋產業的興趣；培養海洋事務人才；建立金門與世界各地海洋研究機構的聯繫交流網絡。
本系特色：
　　一、金門位在福建省厦門灣的外口，整體發展深受福建沿海海洋活動與河川上流的影響。
　　二、金門的產業發展，無論交通、養殖、觀光旅遊、鳥類保育、農漁業產品加工，甚至政府海上執法業務，都不得不與海洋結合，並與厦門的海域管理息息相關。過去因為戰地政務制度與政府政策的保守，本地人民無法接近海洋，深刻影響了金門的發展。
　　三、金厦兩地之間，迄今沒有一個共同管理金厦水域交通、資源、水域環境、糾紛解決與海上執法的協調機構，厦門九龍江水系的汙染問題，遲遲得不到合理的管理，都使得金門的發展受到限制。
　　四、金厦海洋管理協調委員會的建立，還能成為兩岸未來進一步開展整體海洋合作的試驗單位，可以在最小風險的條件下，逐漸發展未來兩岸海洋上的全面合作，包括遠洋漁業的糾紛解決、台灣海峽的交通管制、汙染管理和海難搜救等等。