本所成立後將積極與產學界建立實務聯盟關係。由於本校地緣關係與金門酒廠相近，又有地方性之試驗所如金門水試所、農試所、動植物疾病防疫所，可與之策略聯盟進行產學合作、建教、教學及學術密切合作。近年來擴大範圍包括邀請各研究所教授如台灣大學、台灣海洋大學、中興大學、高雄海洋科技大學、高雄應用科技大學等學術單位，及產業界研究人員如統一企業公司、仲晹實業股份有限公司之專業研發及資深管理主管來校上課，傳授其專業領域的第一手資訊及實務經驗，並且不定期舉辦專題演講，介紹保健食品的最新消息。本系近年來積極與廠商進行產學合作，並一直與多家廠商保持良好合作關係。未來本所成立後，也可以安排研究生過去做重點見習及實習，栽培理論與實務並重的人才。本所將積極並擴大與產業界合作，並經由與產業界交流建立實務聯盟關係，使畢業學生可以優先獲得推薦進入聯盟關係之公司服務，增加學生將來的就業機會。此外，本所將持續與台灣大學、中興大學、台灣海洋大學、高雄海洋科技大學、高雄應用科技大學等學術單位進行學術交流，輔導對本學科有興趣的畢業生至國內或國外攻讀博士學位。
受保健科學發展與食品科技領域之蛻變、社會人口改變與國人對飲食安全衛生觀念轉型的影響，投入食品科技產業、食品生技相關領域的人力需求，呈現數量增加之趨勢。而本所畢業後學生們的發展方向，預估將有更多人投入專業知識的追求，報考博士班到更高一層保健食品及生物技術等專業領域的學術或研究單位去接受專經技術和研究的訓練，就本地區、全國而言可能有下列就業機會：
1.在金門本地：擔任金門及廈門地區食品廠之研究人員、擔任金門酒廠之研發人員、擔任金門衛生安全推廣和分析檢驗人員、擔任金門
地區農試所等單位食品研發人員。
2.在全國：擔任財團法人研究所或政府機關之研究人員、擔任生物醫學、製藥等生物技術相關公司之研發人員、擔任保健食品產品研究發
展和分析檢驗人員、擔任食品生技產業公司管理與市場行銷人員、擔任保健食品產品專利法律人員、擔任檢驗儀器試劑製造業研發和行銷人員、攻讀食品、生命科學、醫學、生物資源等相關研究所博士班。
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